Gli scienziati hanno condotto studi e confronti tra le dimensioni del cervello dell'Homo floresiensis e quelle di altre specie di ominidi, compresi gli esseri umani moderni. Sebbene l’Homo floresiensis avesse una dimensione del cervello più piccola rispetto agli esseri umani moderni, non era sproporzionatamente piccola rispetto alla dimensione corporea.
Alcuni paleoantropologi stimano che il volume del cervello dell'Homo floresiensis sia compreso tra 380 e 430 centimetri cubi, che è inferiore rispetto al volume medio del cervello degli esseri umani moderni, che varia tra 1200 e 1700 centimetri cubi. Tuttavia, l'Homo floresiensis aveva dimensioni corporee relativamente piccole, con individui che misuravano un'altezza media di circa 1,1 metri (3,5 piedi).
Considerando le dimensioni corporee, il rapporto tra dimensioni cervello e corpo dell'Homo floresiensis non è insolitamente piccolo se paragonato a quello di altri primati. Il loro quoziente di encefalizzazione (EQ) stimato, che è una misura della dimensione del cervello rispetto alla massa corporea, rientra nell'intervallo osservato in altri primati, compresi gli esseri umani moderni.