L'assenza di un involucro nucleare nei procarioti non impedisce alla cellula di controllare l'espressione genica modificando l'RNA dopo la trascrizione. I procarioti hanno diversi meccanismi per controllare l'espressione genica a livello dell'RNA, tra cui l'editing dell'RNA, il controllo della stabilità dell'RNA e la regolazione della traduzione. Ad esempio, i riboswitch sono sequenze regolatrici di RNA che possono legarsi a piccole molecole e controllare l’espressione genica alterando la struttura della molecola di RNA e influenzandone la traduzione. Inoltre, i sistemi CRISPR-Cas utilizzano nucleasi guidate dall’RNA per modificare o scindere le molecole di RNA, fornendo un altro meccanismo per controllare l’espressione genica nei procarioti.