* Materiale genetico diverso: I virus dell'RNA usano l'RNA come materiale genetico, mentre i virus del DNA usano il DNA. Queste molecole hanno strutture diverse e richiedono enzimi diversi per la replicazione.
* Mancanza di trascrittasi inversa: I virus del DNA in genere usano un enzima chiamato trascrittasi inverso per convertire il loro RNA in DNA, che può quindi essere integrato nel genoma della cellula ospite. I virus dell'RNA non hanno questo enzima.
* Mancanza di DNA polimerasi: I virus dell'RNA mancano anche degli enzimi di DNA polimerasi necessari per replicare il DNA. Questi enzimi sono essenziali per la copia dei fili del DNA.
* meccanismi di imballaggio diversi: Le proteine che incapsulano il genoma virale (il capside) sono specifiche per l'RNA o il DNA. Il capside di un virus dell'RNA non sarebbe in grado di impacchettare correttamente una molecola di DNA.
In sintesi: I virus dell'RNA si sono evoluti per utilizzare l'RNA come materiale genetico e mancano gli enzimi e le strutture necessari per replicare e impacchettare il DNA.
Nota: Alcuni retrovirus, che sono virus dell'RNA, possiedono trascrittasi inversa e possono integrare il loro materiale genetico nel DNA dell'ospite. Tuttavia, questo è un caso speciale e sono ancora fondamentalmente virus dell'RNA.