* Isolamento riproduttivo: Come molti altri animali, diverse specie di pipistrelli hanno evoluto comportamenti di accoppiamento distinti, chiamate e caratteristiche fisiche. Queste differenze fungono da ostacoli all'incrocio.
* Differenze genetiche: Anche se due specie riescono a accoppiarsi, il loro DNA è spesso troppo diverso per produrre prole vitali. Gli embrioni risultanti potrebbero non svilupparsi correttamente o la prole potrebbe essere sterile.
* Specializzazione ecologica: Le specie di pipistrelli hanno spesso diete e habitat specializzati, che contribuiscono al loro isolamento riproduttivo. Ciò significa che potrebbero non incontrarsi anche in natura per accoppiarsi.
Tuttavia, ci sono stati rari casi di ibridazione, specialmente all'interno di specie strettamente correlate. Ad esempio, alcuni ricercatori hanno documentato casi di incroci tra * Myotis lucifugus * (Little Brown Bat) e * Myotis yumanensis * (Yuma Myotis). Ma questi casi sono generalmente considerati eccezioni piuttosto che la regola.
In breve, sebbene non sia impossibile per i pipistrelli di specie diverse da interbrire, è altamente insolito e spesso provoca una prole non vitale.
