1. Alghe verdi (clorofita): Questi sono i più diversi gruppi di alghe, con oltre 10.000 specie. Sono caratterizzati dal loro colore verde a causa della presenza di clorofille A e B e immagazzinano cibo come amido. Le alghe verdi sono strettamente legate alle piante terrestri e alcuni scienziati credono di essere gli antenati delle piante.
2. Alghe marroni (Phaeophyceae): Questo gruppo contiene grandi alghe multicellulari, come Kelp. Si distinguono per il loro colore marrone o olivo a causa della presenza della fucoxantina di pigmento. Le alghe marroni immagazzinano cibo come laminarina, un tipo di carboidrato.
3. Alghe rosse (Rhodophyta): Questo gruppo contiene alghe per lo più multicellulare, sebbene ci siano alcune specie single. Hanno un colore rossastro a causa della filoertrina del pigmento, che consente loro di fotosintetizzare in acqua più profonda di altre alghe. Le alghe rosse immagazzinano cibo come amido floridea.