1. Struttura primaria: Questo si riferisce alla sequenza lineare di aminoacidi nella catena del polipeptide. È come l'alfabeto della proteina, determinando l'ordine dei suoi blocchi.

2. Struttura secondaria: Ciò comporta il ripiegamento locale della catena polipeptidica in forme specifiche, principalmente alfa-eliche e fogli beta , a causa del legame idrogeno tra atomi di spina dorsale. È come le parole formate dall'alfabeto.

3. Struttura terziaria: Ciò descrive la forma tridimensionale complessiva di una singola catena polipeptidica, derivante da interazioni tra gruppi R (catene laterali) degli aminoacidi. Queste interazioni includono interazioni idrofobiche, legami idrogeno, legami ionici e ponti disolfuro. È come la frase costruita dalle parole.

4. Struttura quaternaria: Ciò si riferisce alla disposizione di catene polipeptidiche multiple (subunità) all'interno di una proteina. È come il paragrafo composto da più frasi. Non tutte le proteine hanno una struttura quaternaria, poiché alcune sono costituite da una sola catena polipeptidica.

Questi livelli di organizzazione sono gerarchici e si basano l'uno sull'altro. La struttura primaria determina le strutture secondarie, terziarie e quaternarie. La conformazione specifica di una proteina determina la sua funzione.