1. Preparazione del campione: La microscopia elettronica richiede un'ampia preparazione del campione. I microrganismi devono essere attentamente fissi, disidratati e spesso rivestiti con uno strato sottile di metallo. Questo processo può richiedere molto tempo, tecnicamente impegnativo e potenzialmente distorcere la struttura naturale dell'organismo.
2. Limitato a campioni morti: La microscopia elettronica utilizza fasci di elettroni ad alta energia che possono danneggiare campioni biologici. Pertanto, è adatto solo per la visualizzazione di microrganismi morti o conservati. Ciò rende impossibile studiare i processi dinamici che si verificano all'interno delle cellule viventi.
3. Costo e complessità: I microscopi elettronici sono costosi apparecchiature che richiedono una formazione specializzata e competenze per il funzionamento. Ciò limita la loro accessibilità ai ricercatori e alle istituzioni con risorse adeguate.
