I primi sistemi di classificazione, come quelli di Aristotele, si concentravano principalmente su animali e piante . Erano in gran parte basati su caratteristiche osservabili e i microrganismi erano semplicemente troppo piccoli per essere visti ad occhio nudo.

Pertanto, microrganismi , inclusi batteri, funghi, protisti e virus, mancavano da queste prime classificazioni.

Fu solo con l'invenzione del microscopio nel 17 ° secolo che gli scienziati iniziarono a scoprire e classificare questi organismi microscopici.