Le proteine ​​non funzionano isolatamente, e le loro interazioni con altre proteine ​​definiscono le loro funzioni cellulari. Perciò, la comprensione dettagliata delle interazioni proteina-proteina (PPI) è la chiave per decifrare la regolazione delle reti e dei percorsi cellulari. Queste complesse reti di associazioni stabili e transitorie possono essere studiate mediante spettrometria di massa di purificazione dell'affinità (AP-MS) e metodi di etichettatura complementari basati sulla prossimità come BioID.

In uno studio pubblicato su Comunicazioni sulla natura , un team di ricerca guidato dal Dr. Markku Varjosalo dell'Università di Helsinki ha sviluppato un approccio ottimizzato e integrato che combina AP-MS e BioID in un unico flusso di lavoro. Oltre a sfruttare i vantaggi di entrambe le strategie, gli autori mostrano che il loro approccio consente l'identificazione e la quantificazione delle interazioni proteina-proteina e delle stechiometrie del complesso proteico, identificazione di interazioni transitorie o di prossimità con BioID, visualizzazione della proteina esca e degli interattori prossimali con microscopia a immunofluorescenza, e definire il contesto molecolare con microscopia MS utilizzando il set di dati di riferimento ottenuto identificando interattori prossimali per marcatori di localizzazione subcellulare in buona fede.

Gli autori mostrano che la microscopia MS consente di assegnare la proteina studiata alla sua corretta posizione cellulare o addirittura subcellulare con una risoluzione ancora più elevata rispetto alla microscopia confocale. "Questo studio è un continuum dei nostri rigorosi sforzi nello sviluppo di nuovi strumenti di biologia dei sistemi per lo studio delle interazioni molecolari formate dalle proteine. Abbiamo precedentemente dimostrato che l'AP-MS è un metodo altamente riproducibile, adatto anche per studi su larga scala e interlaboratorio", dice il dottor Varjosalo. "Il nostro flusso di lavoro integrato di nuova concezione e la mappa del proteoma del contesto molecolare di riferimento, permette un modo semplice per sondare la localizzazione molecolare di (m)qualsiasi proteina(e). Il MAC-tag sviluppato e l'approccio integrato dovrebbero consentire, non solo la comunità della proteomica dell'interazione, ma anche cellula, biologi molecolari e strutturali, con un flusso di lavoro integrato sperimentalmente provato per mappare in dettaglio le interazioni fisiche e funzionali e il contesto molecolare delle proteine ​​nelle cellule umane."