I ricercatori HITS hanno sviluppato tauRAMD, uno strumento per prevedere i tempi di permanenza del target di droga da brevi simulazioni. Il metodo è illustrato nella copertina del numero di luglio 2018 del Journal of Chemical Theory and Computation, il software è disponibile gratuitamente.

La progettazione di un farmaco con una durata d'azione desiderata, se lungo o corto, di solito è un processo complicato e costoso per tentativi ed errori guidato solo da un mix di intuizione esperta e serendipità. Uno dei parametri che influenzano l'efficacia del farmaco è la durata del complesso formato tra un farmaco e la sua proteina bersaglio, la cui funzione deve essere alterata, per esempio. inibito. In pratica, molti possibili composti chimici devono essere sintetizzati e quindi testati per scoprire un candidato farmaco appropriato.

Metodo semplice e prestazioni elevate

Nell'ambito del progetto Kinetics for Drug Discovery (K4DD) sostenuto dall'impresa comune EU/EFPIA Innovative Medicines Initiative, i ricercatori del gruppo Molecular and Cellular Modeling (MCM) dell'Heidelberg Institute for Theoretical Studies (HITS) hanno sviluppato un metodo computazionalmente efficiente e facile da usare per prevedere la vita relativa dei complessi di una proteina bersaglio con diversi farmaci candidati. Gli scienziati hanno dimostrato le elevate prestazioni predittive dell'approccio computazionale utilizzando dati sperimentali misurati dai collaboratori di Merck KGaA (Darmstadt), Sanofi-Aventis Deutschland (Francoforte sul Meno), e Sanofi R&S (Vitry-sur-Seine, Francia).

Il metodo, chiamato tauRAMD (tempo di residenza, tau, stima mediante simulazioni di dinamica molecolare ad accelerazione casuale) è stato sviluppato per facilità d'uso e consente di calcolare tempi di permanenza lunghi con simulazioni brevi. È stato applicato con successo a diversi insiemi di composti che legano una gamma di proteine ​​bersaglio terapeuticamente importanti. Il software è disponibile gratuitamente su www.h-its.org/downloads/ramd/.