In un primo per la virologia vegetale, un team del CIRAD ha recentemente utilizzato la tecnologia dei nanopori per sequenziare l'intero genoma di due virus a RNA dell'igname. Questa tecnica di biologia molecolare poco utilizzata ma promettente apre la strada a nuovi strumenti per la diagnosi sul campo di piante, malattie animali e umane.

Una nuova, ad alto rendimento, La tecnica di sequenziamento portatile è stata sviluppata negli ultimi anni per scopi di salute umana e animale. Utilizza laboratori mobili per diagnosticare virus come Ebola o Zika quasi istantaneamente, nel campo. La diagnosi è rapida e precoce, che evita la necessità di trasferire campioni contaminati.

"La tecnologia è caratterizzata dalla produzione di lunghe sequenze nucleotidiche, che permette di sequenziare l'intero genoma virale, "Philippe Roumagnac, un virologo con CIRAD, spiega. CIRAD è stato uno dei primi laboratori al mondo a testare e validare il suo utilizzo in virologia vegetale. "Usando una pianta di igname malata, ci sono volute solo poche ore per sequenziare l'intero genoma di due virus a RNA a filamento singolo, un macluravirus e un potyvirus, " aggiunge il suo collega Denis Filloux.

Come per la virologia umana, il fatto che la tecnica sia stata ora convalidata in un laboratorio di virologia vegetale apre la strada al real-time, rilevamento mobile di malattie croniche, virus vegetali stagionali o emergenti, anche in zone isolate. Riducendo il tempo che intercorre tra il campionamento e la diagnosi, la tecnologia aiuterà le reti di sorveglianza epidemiologica a rilevare gli organismi nocivi in ​​una fase precedente.