Gli stessi strumenti di desalinizzazione non necessitano di essere puliti con acqua, poiché la loro funzione è quella di rimuovere il sale e altre impurità dall'acqua. L’attenzione dovrebbe invece concentrarsi sulla manutenzione e sulla pulizia dei prefiltri, delle membrane e dei sistemi di post-trattamento utilizzati nei processi di desalinizzazione per garantire una desalinizzazione efficiente ed efficace.