Un atomo di rutenio (Ru) contiene 44 protoni e 44 elettroni. Il numero di protoni nel nucleo di un atomo ne determina il numero atomico e identifica l'elemento. Il rutenio ha un numero atomico di 44, il che significa che ogni atomo di rutenio contiene 44 protoni caricati positivamente. Per mantenere la neutralità elettrica, un atomo deve avere un numero uguale di protoni caricati positivamente e di elettroni caricati negativamente. Pertanto, un atomo di rutenio contiene anche 44 elettroni caricati negativamente.