L'alfa amilasi è un enzima che idrolizza specificamente i legami alfa-1,4-glicosidici nell'amido, nel glicogeno o in altri carboidrati correlati. Questi collegamenti si trovano tra le molecole di glucosio in questi polisaccaridi. Questa reazione di idrolisi scompone i polisaccaridi in unità più piccole, come maltosio e destrina, che possono essere ulteriormente metabolizzate dall'organismo.

Il legame idrolizzato dall'alfa amilasi è un legame alfa-1,4-glicosidico, che è un tipo di legame covalente che collega il primo carbonio (C1) di una molecola di zucchero al quarto carbonio (C4) della molecola di zucchero successiva. Questo specifico tipo di legame si trova nei polisaccaridi amido e glicogeno, che sono costituiti da lunghe catene di molecole di glucosio legate da legami alfa-1,4-glicosidici.