Il fiume San Joaquin ha origine nelle montagne della Sierra Nevada e scorre a ovest attraverso la Central Valley della California. Scattina nel fiume Sacramento vicino alla città di Stockton, quindi scorre attraverso il Delta del fiume Sacramento-San Joaquin prima di raggiungere la baia di San Francisco.
Mentre l'acqua del fiume San Joaquin alla fine raggiunge la baia di San Francisco, il fiume stesso non scorre direttamente attraverso la città di San Francisco.
