Il regno che comprende gli organismi a cui viene attribuita la capacità di decomporre piante e animali morti nel terreno fertile è il regno dei funghi. I funghi svolgono un ruolo cruciale nel riciclaggio e nella decomposizione dei nutrienti in vari ecosistemi. Possiedono enzimi unici che consentono loro di scomporre la materia organica complessa in sostanze più semplici, consentendo ad altri organismi di utilizzare questi nutrienti. Alcuni esempi ben noti di funghi coinvolti nella decomposizione sono funghi, muffe e lieviti.