Ha studiato per diventare un sacerdote anglicano all'Università di Cambridge ma non è mai diventato uno. Dopo essersi laureato, ha intrapreso un viaggio di cinque anni in tutto il mondo sull'HMS Beagle, che alla fine ha modellato le sue teorie rivoluzionarie sull'evoluzione.

Mentre la sua famiglia era devotamente religiosa, la stessa fede di Darwin si spostò nel tempo. Non ha respinto la religione apertamente, ma si è trovato a mettere in discussione le interpretazioni tradizionali della Bibbia dopo le sue scoperte scientifiche.