Lanciato nel 1973, faceva parte della serie di veicoli spaziali della piattaforma di monitoraggio interplanetario (IMP) progettata per studiare il mezzo interplanetario. Durante lo studio della magnetosfera terrestre, ha rilevato una cintura di radiazione precedentemente sconosciuta intrappolata in una regione molto più lontano rispetto alle cinture di Van Allen.
Mentre altri veicoli spaziali avevano fornito suggerimenti sull'esistenza di questa cintura esterna, le misurazioni di Explorer 49 ne hanno confermato la presenza e fornito informazioni dettagliate sulle sue proprietà.