Mentre è vero che il massiccio gravità di Giove può influenzare le traiettorie delle comete e che la cometa del Shoemaker-Levy 9 si è scontrata con Giove nel 1994, Hale-Bopp è passato relativamente lontano dal pianeta. È arrivato entro 1.3 unità astronomiche (AU) da Giove nel 1997, che è all'incirca la distanza tra il sole e Marte. Questa distanza è considerata troppo lontana per la gravità di Giove per alterare significativamente il percorso della cometa o causare una collisione.

L'incontro ravvicinato di Hale-Bopp con Giove ha causato alcuni cambiamenti nella sua orbita, ma ha continuato sul suo cammino attorno al sole ed è ancora là fuori nel sistema solare esterno.