La trascrittomica spaziale è una nuova tecnologia che consente ai ricercatori di misurare l'espressione genica delle cellule in un campione di tessuto preservandone le relazioni spaziali. Questi dati possono essere utilizzati per creare una mappa del tessuto, mostrando quali geni sono espressi in ciascuna cellula e come sono organizzati gli uni rispetto agli altri.
TissueMapper utilizza queste informazioni spaziali per dedurre le interazioni tra le cellule e le loro vicine. L'algoritmo identifica innanzitutto gruppi di cellule che esprimono geni simili. Questi cluster vengono quindi utilizzati per creare una rete di interazioni, mostrando come le cellule sono collegate tra loro.
I ricercatori hanno testato TissueMapper su diversi campioni di tessuti, tra cui pelle, cervello e cuore. L'algoritmo è stato in grado di identificare con precisione le interazioni tra le cellule di ciascun tessuto e di prevedere come i tessuti avrebbero risposto a diversi stimoli.
"TissueMapper è un nuovo potente strumento che può essere utilizzato per comprendere come sono organizzati i tessuti e come funzionano", ha affermato Alex Pollen, PhD, ricercatore dell'UCSF e uno degli sviluppatori di TissueMapper. "Queste informazioni potrebbero essere utilizzate per sviluppare nuovi farmaci e terapie mirati a specifici tipi di cellule o interazioni".
Lo studio è stato pubblicato sulla rivista Nature Methods.
