Caratteristiche morfologiche: Inizialmente, gli organismi appena scoperti vengono classificati in base alle loro caratteristiche morfologiche, come caratteristiche fisiche, strutture e aspetto generale. Gli scienziati esaminano vari aspetti come dimensioni, forma, colorazione, struttura corporea, appendici e tratti unici. La classificazione morfologica serve come passo preliminare per comprendere le caratteristiche generali dell'organismo e identificare le somiglianze con le specie conosciute.

Analisi molecolare: I progressi nella biologia molecolare hanno reso il sequenziamento del DNA uno strumento vitale nella tassonomia moderna. Gli scienziati estraggono il DNA dall'organismo e ne analizzano il materiale genetico. Confrontando le sequenze di DNA con quelle di organismi conosciuti, possono determinare la parentela genetica e le relazioni evolutive. L'analisi del DNA consente una classificazione più accurata e aiuta a identificare nuove specie anche se hanno morfologie simili.

Analisi biochimica: Per la classificazione possono essere utilizzate anche caratteristiche biochimiche, come la presenza di proteine, enzimi o altri marcatori biochimici specifici. Questi marcatori possono fornire informazioni sul metabolismo, sulla fisiologia e sulla composizione genetica dell'organismo. L'analisi biochimica integra i dati morfologici e molecolari, offrendo una comprensione completa delle caratteristiche biologiche dell'organismo.

Dati ecologici e comportamentali: Le informazioni sull'habitat dell'organismo, sulle interazioni ecologiche, sul comportamento e sul ciclo di vita possono contribuire alla sua classificazione. Studiare dove vive un organismo, le sue interazioni con altre specie e i suoi comportamenti unici può rivelare importanti indizi sulla sua storia evolutiva e sulle relazioni con altri organismi.

Prove paleontologiche: Nel caso degli organismi estinti, i dati paleontologici, come i reperti fossili, possono fornire informazioni preziose per la classificazione. Esaminando i resti fossili, gli scienziati possono ottenere informazioni sulla morfologia, l'anatomia e le relazioni evolutive dell'organismo, contribuendo a collocarlo nel contesto più ampio dell'Albero della Vita.

È importante notare che i sistemi di classificazione sono dinamici e in continua evoluzione man mano che vengono fatte nuove informazioni e scoperte. Gli scienziati utilizzano una combinazione di questi criteri e integrano varie linee di prova per assegnare un organismo appena scoperto al gruppo tassonomico più appropriato e determinare le sue relazioni evolutive con le specie esistenti.