1. Archaea (Archebatteri): Gli Archaea sono considerati una delle prime forme di vita sulla Terra e sono spesso indicati come batteri antichi. Differiscono significativamente dai veri batteri in termini di struttura cellulare, organizzazione del genoma e metabolismo. Gli archaea hanno una struttura distinta della membrana cellulare, geni unici e diverse vie metaboliche, inclusa la capacità di prosperare in ambienti estremi come sorgenti termali o sorgenti idrotermali di acque profonde.
2. Veri batteri (eubatteri): Il termine “veri batteri” si riferisce spesso al dominio Batteri, che comprende una vasta diversità di specie batteriche. I batteri sono organismi procarioti caratterizzati da una membrana cellulare, citoplasma e DNA ma privi di nucleo o organelli legati alla membrana. Le specie batteriche includono agenti patogeni comuni come l’Escherichia coli, nonché batteri benefici coinvolti nel ciclo dei nutrienti, nella fissazione dell’azoto e nella produzione di antibiotici.
3. lignaggi batterici antichi e moderni: All'interno del dominio Batteri, ci sono lignaggi che si sono differenziati e si sono evoluti in gruppi distinti nel corso della storia evolutiva. Alcuni batteri possono essere definiti “antichi” perché appartengono a lignaggi profondamente ramificati che potrebbero aver avuto origine all’inizio della linea temporale evolutiva. Tuttavia, questa terminologia è relativa e dipende dallo specifico contesto di ricerca e dalle relazioni evolutive studiate.
In sintesi, "batteri antichi" si riferisce generalmente agli Archaea come separati dai batteri, mentre i "veri batteri" includono diverse specie batteriche all'interno del dominio Batteri. Questi termini dovrebbero essere interpretati con cautela poiché la classificazione dei batteri si basa su criteri tassonomici specifici piuttosto che su etichette semplificate.