La principale differenza tra tRNA e mRNA è la presenza di un anticodone nel tRNA. L'anticodone è una sequenza di tre nucleotidi sul tRNA, che è complementare a un codone specifico, che è una sequenza di tre nucleotidi sull'mRNA. L'anticodone nel tRNA è responsabile del riconoscimento e del legame al codone complementare sull'mRNA durante la sintesi proteica. Il tRNA porta l'amminoacido corretto al complesso dell'mRNA riconoscendo i tre nucleotidi e attaccando l'amminoacido corrispondente alla posizione corretta nella proteina.