Mentre la stessa membrana nucleare non ha un colore, è spesso macchiata di coloranti in microscopia per renderlo visibile. Le macchie comuni includono:
* dapi (4 ', 6-diamidino-2-fenilindolo) :Questa macchia si lega al DNA e al blu fluorescente.
* propidio ioduro (pi) :Questa macchia si lega anche al DNA e al rosso fluorescente.
Quindi, il colore apparente di una membrana nucleare dipende dalla tecnica di colorazione utilizzata nella microscopia.