Purkinje, anatomista e fisiologo ceco, stava studiando la struttura delle cellule viventi e osservato una sostanza gelatina al suo interno. Ha chiamato questa sostanza "protoplasma" dalle parole greche "protos" (prima) e "plasma" (forma).
È importante notare che la comprensione del protoplasma si è evoluta nel tempo. Il termine non è più considerato un termine scientifico definitivo poiché la scienza moderna ha suddiviso la struttura complessa e le funzioni della cellula in vari organelli e molecole. Tuttavia, il "protoplasma" funge ancora da promemoria storico della teoria cellulare precoce e dalla nostra comprensione delle componenti fondamentali della vita.