1. Contaminazione: Dust, sporco, impronte digitali e persino particelle nell'aria possono accumularsi sulle lenti e altre parti delicate del microscopio. Questa contaminazione può spargere la luce, ostacolare l'immagine e persino graffiare le lenti delicate.
2. Vibrazione: I microscopi sono strumenti estremamente sensibili. Anche lievi vibrazioni, sia dal traffico pedonale, dai macchinari nelle vicinanze o anche da un leggero bump, possono offuscare l'immagine e rendere difficile la concentrazione.
Queste sfide non sono "nemici" intrinseci nel senso tradizionale, ma possono essere gravi ostacoli alla visione eliminata e accurata al microscopio.