1. ascomycota: Questo è il più grande phylum di funghi, contenente oltre 64.000 specie. Gli ascomyceti sono caratterizzati dalla loro produzione di spore in strutture simili a SAC chiamate ASCI. Esempi includono lieviti, tartufi e morel.

2. Basidiomycota: Questo phylum contiene circa 30.000 specie, tra cui funghi, toadstools, palline e funghi. I basidiomiceti si distinguono per le loro strutture riproduttive a forma di club chiamate Basidia.

3. Zygomycota: Questo phylum contiene circa 1.000 specie, tra cui stampi per pane e alcuni funghi del suolo. Zygomycetes si riproduce sessualmente formando uno Zygospore a parete spessa.

4. glomeromycota: Questo phylum contiene solo circa 200 specie, ma sono incredibilmente importanti per le loro relazioni simbiotiche con le piante. I glomeromiceti formano micorrize arbuscolari, che aiutano le piante ad assorbire i nutrienti dal suolo.

Mentre questi sono i quattro principali Phyla, è importante notare che la tassonomia fungina si sta ancora evolvendo. Alcuni scienziati suggeriscono un quinto grande phylum, chytridiomycota , che include principalmente funghi acquatici.