1. Methanogens: Questi sono anaerobi rigorosi che producono metano come sottoprodotto del loro metabolismo. Si trovano comunemente in ambienti come le paludi, le viscere degli animali e persino gli impianti di trattamento delle acque reflue.

2. Halophiles: Questi archaea prosperano in ambienti estremamente salati, come laghi di sale e saline. Alcune specie possono persino tollerare concentrazioni di sale fino al 30%.

3. Termophi: Come suggerisce il loro nome, questi archaea amano il calore. Si trovano spesso nelle sorgenti termali, nelle prese d'aria idrotermiche e in altri ambienti con temperature superiori a 80 ° C.