Ecco perché:
* Teoria endosymbiotica: La teoria prevalente dell'evoluzione eucariotica afferma che i mitocondri erano un tempo batteri a vita libera che erano inghiottiti da una cellula procariotica più grande. Nel tempo, si è sviluppata una relazione simbiotica, con i batteri che forniscono energia (attraverso la respirazione cellulare) e la cellula ospite che fornisce protezione e risorse.
* Somiglianze con i batteri: I mitocondri possiedono il proprio DNA (mtDNA), che è circolare e simile nella struttura al DNA batterico. Hanno anche i loro ribosomi, che sono più simili ai ribosomi batterici che a quelli che si trovano nel citoplasma delle cellule eucariotiche.
* Replica indipendente: I mitocondri possono replicare indipendentemente dalla cella ospite, supportando ulteriormente l'idea che un tempo fossero organismi a vita libera.
Mentre anche altri organelli come i cloroplasti (nelle cellule vegetali) supportano la teoria endosimbiotica, i mitocondri sono gli organelli primari che forniscono evidenti prove per l'evoluzione delle cellule eucariotiche dalle cellule procariotiche.