I protoni si trovano all'interno del nucleo di un atomo, che è la parte centrale e più massiccia dell'atomo. Il nucleo contiene protoni e neutroni, collettivamente chiamati nucleoni. I protoni trasportano una carica elettrica positiva, mentre i neutroni sono elettricamente neutri. Il numero di protoni nel nucleo determina il numero atomico di un elemento ed è ciò che distingue un elemento da un altro. Ad esempio, tutti gli atomi con un protone sono atomi di idrogeno, quelli con due protoni sono atomi di elio e così via.