Gli elettroni per il fotosistema II provengono dalla scissione delle molecole d'acqua. Questo processo viene eseguito dal complesso di evoluzione dell'ossigeno (OEC) del fotosistema II. L'OEC è un gruppo di quattro ioni manganese e uno ione calcio tenuti insieme da un'impalcatura proteica. Quando l'energia luminosa viene assorbita dal fotosistema II, eccita un elettrone nella molecola di clorofilla del centro di reazione. Questo elettrone viene quindi trasferito a un accettore di elettroni e alla fine raggiunge l'OEC. L'OEC utilizza l'energia dell'elettrone per dividere una molecola d'acqua in due protoni e un atomo di ossigeno. I protoni vengono pompati nel lume del tilacoide, mentre l'atomo di ossigeno viene rilasciato nell'atmosfera.