Il numero di protoni in un atomo determina il suo numero atomico, che identifica l'elemento. Ad esempio, tutti gli atomi con un protone sono atomi di idrogeno, tutti gli atomi con due protoni sono atomi di elio e così via.
Il numero di elettroni in un atomo è tipicamente uguale al numero di protoni, conferendo all'atomo una carica neutra. Tuttavia, quando gli atomi acquistano o perdono elettroni, diventano elettricamente carichi e vengono chiamati ioni.