Durante il ciclo dell'acido citrico, due atomi di carbonio vengono rimossi come anidride carbonica (CO2), che è un prodotto di scarto della respirazione cellulare. Ciascun acetil CoA, che entra nel ciclo dell'acido citrico, trasporta due atomi di carbonio. Durante un giro del ciclo vengono liberate due molecole di CO2. Portano gli atomi di carbonio entrati nell'acetil CoA e quelli che originariamente facevano parte di altri componenti della molecola di citrato.