1. Il gruppo 2'-idrossile:
* RNA: L'RNA ha un gruppo idrossilico (OH) attaccato al carbone 2 'dello zucchero ribosio. Questo gruppo idrossilico rende l'RNA più suscettibile all'idrolisi , un processo in cui i legami di fosfodiester che collegano i nucleotidi sono scomposti dall'acqua. In condizioni alcaline, questa reazione di idrolisi è accelerata.
* DNA: Il DNA manca di questo gruppo 2'-idrossile, con solo un atomo di idrogeno (H) in quella posizione sul suo zucchero di desossiribosio. Ciò rende il DNA significativamente più resistente all'idrolisi in ambienti alcalini.
2. Struttura e degradazione di base:
* RNA: La presenza di uracile (u) nell'RNA lo rende incline a deaminazione , dove il gruppo amminico (-nh2) su uracile viene convertito in un gruppo carbonile (c =O). Ciò converte l'uracile in citosina (C), portando potenzialmente a mutazioni. Mentre la deaminazione può accadere sia all'RNA che al DNA, è più diffusa nell'RNA a causa della presenza di uracile.
* DNA: Il DNA contiene timina (t) anziché uracile. La timina è meno inclini alla deaminazione rispetto all'uracile, contribuendo alla maggiore stabilità del DNA.
3. Strutture secondarie:
* RNA: La natura a singolo filamento di RNA consente di formare una varietà di strutture secondarie complesse, tra cui anelli a forcina, loop di stelo e pseudoknots. Queste strutture possono essere piuttosto fragili e possono essere interrotte dalle condizioni alcaline, contribuendo ulteriormente alla degradazione dell'RNA.
* DNA: La struttura a doppio filamento del DNA, con i suoi legami idrogeno tra basi complementari, fornisce una maggiore stabilità e resistenza alle interruzioni alcaline.
In sintesi:
La presenza del gruppo 2'-idrossile, l'instabilità intrinseca di Uracile e le strutture secondarie più complesse e fragili rendono l'RNA molto più vulnerabile al degrado in condizioni alcaline rispetto al DNA.
