La sostantia nigra si trova nel mesencefalo , che è una parte piccola ma importante del cervello che collega il cervello anteriore e il cervello.

In particolare, si trova nel tegmentam , una regione del mesencefalo che si trova appena sotto il tectum. La sostantia nigra è una struttura oscura e pigmentata (da cui il nome "sostanza nera") che svolge un ruolo vitale nel controllo del movimento e ricompensa .