Per molto tempo, gomphotheres sono considerati l'anello chiave nell'evoluzione proboscide. Sono considerati il ​​ceppo ancestrale dei veri elefanti che sopravvivono ora. Le origini degli stegodonti, si ritiene che rhynchotheres e cuvieroniines siano più o meno imparentati con i gomphotheres. Però, i gomphotheres sono anche considerati un taxon problematico o una categoria di "pattumiera" nei proboscidi. Storicamente, almeno 60 specie erano state attribuite al genere Gomphotherium o ai suoi sinonimi, e più di 10 specie sono ampiamente riconosciute ora. Non è stato ancora raggiunto un accordo sul fatto che queste specie abbiano sinonimi o omonimi e sulle relazioni sistematiche tra le specie. Il motivo è che Gomphotherium ha poche autapomorfie (l'unica autapomorfia riconosciuta è quella degli incisivi inferiori ovali o piriformi), caratteristica non specializzata dei denti guanciali, e una variazione intraspecifica piuttosto ampia.

Nel numero 3, volume 37 di Journal of Vertebrate Paleontology pubblicato l'11 agosto 2017, come la storia di copertina, i più recenti risultati su Gomphotherium sono stati pubblicizzati dal gruppo del Prof. WANG Shi-Qi in IVPP, Accademia cinese delle scienze. L'autore ha studiato 16 specie rappresentative dell'Eurasia, Africa e America, che copriva quasi tutte le specie di Gomphotherium del mondo. Nella carta, gli autori estendono le realizzazioni sul Gomphotherium eseguite dal famoso studioso, Il prof. Pascal Tassy del Museo Nazionale di Storia Naturale (Francia) nel 1985 e ha confrontato attentamente le caratteristiche morfologiche complete del cranio di Gomphotherium, mandibola, incisivi e molari; su questa base, attraverso l'approccio dell'analisi cladistica, All'interno del genere Gomphotherium sono identificati 3 gruppi monofiletici e 1 gruppo parafiletico, che ben stabilirono la relazione filogenetica tra le specie di Gomphotherium.

In questo documento, l'autore descrisse una nuova specie di Gomphotherium, Gomphotherium tassyi, scoperta dal bacino di Linxia nel tardo Miocene medio. La nuova specie prende il nome dal Prof. Pascal Tassy per rendere omaggio ai suoi grandi successi nella ricerca sui gomphotheres. Lo studio mostra che, Gomphotherium tassyi e Gomphotherium subtapiroideum costituiscono il ramo dei gomphotheres i cui molari si sono evoluti verso l'azione tagliente, in modo che mostrino una certa somiglianza morfologica con i mammutidi. L'esistenza di tale somiglianza confonde la morfologia dei denti di gomphotheres e mammutidi, e per certi versi scuote la realizzazione sulla maggiore classificazione Proboscidea.