Tuttavia, non tutti i ricercatori concordano sul fatto che l’Homo floresiensis fosse un nano insulare. Alcuni sostengono che le sue piccole dimensioni potrebbero essere il risultato di altri fattori, come la deriva genetica o la consanguineità. Inoltre, alcuni ricercatori hanno suggerito che l’Homo floresiensis potrebbe non essere stato una specie separata dall’Homo sapiens, ma piuttosto una popolazione di esseri umani moderni con una condizione genetica che causava il nanismo.
La questione se l'Homo floresiensis fosse un nano insulare rimane un argomento di dibattito tra gli scienziati. Sono necessarie ulteriori ricerche per determinare la vera natura di questo ominide estinto.