Tuttavia, c'è qualche dibattito su questo:
* Mancanza di prove definitive: Non esiste una documentazione sopravvissuta al microscopio di Janssen e le informazioni sulla sua invenzione provengono da fonti secondarie.
* Altri contendenti: Alcuni storici suggeriscono che Cornelis Drebbel, un inventore olandese, potrebbe aver sviluppato un microscopio simile indipendentemente nello stesso periodo.
Pertanto, mentre a Janssen viene spesso attribuita l'invenzione del microscopio composto, è importante ricordare che le origini esatte e la sequenza temporale rimangono in qualche modo incerte.