L'elettroforesi su gel di sodio dodecil solfato-poliacrilammide (SDS-PAGE) è un metodo biochimico di identificazione delle proteine ​​in soluzione. Come illustrato da Mathews e altri in "Biochimica", i campioni di proteine ​​vengono prima caricati in "pozzetti" o fori su un'estremità del blocco di gel di poliacrilammide. Un campo elettrico viene quindi applicato al gel. La SDS, aggiunta ai campioni caricati, nega la carica naturale delle proteine. Per questo motivo, il peso molecolare delle proteine ​​da solo determina la velocità di migrazione delle proteine ​​mentre si muovono attraverso il gel verso il polo caricato positivamente, osserva Bitesize Bio. Più proteine ​​nello stesso campione, quindi, si separano l'una dall'altra e migrano in posizioni diverse.

Orientare la fotografia del gel. "Superiore" è la posizione dei pozzetti in cui sono stati aggiunti originariamente i campioni. "Bottom" è il punto in cui i campioni sono migrati verso e più spesso contiene il fronte colorante che indica il fronte di migrazione dei campioni. O la sinistra o la destra dovrebbe contenere un "marker", usato come guida di peso molecolare prevedibile.

Etichettare i campioni per ogni corsia. In alto, i campioni aggiunti ai pozzetti saranno migrati verticalmente in "corsie". Pertanto, tutte le barre visibili in una colonna verticale provenivano da un campione caricato direttamente sopra di esso. Usa il righello e la penna per mettere i bordi sulle corsie se è difficile visualizzare le colonne.

Identifica le dimensioni molecolari delle bande nella corsia marcatore. I marcatori disponibili in commercio includono un'immagine del modello di banda da aspettarsi insieme ai pesi molecolari di ciascuna banda. Le bande sono le "barre" orizzontali scure, che sono in realtà delle proteine ​​colorate incorporate nel gel.

Disegna linee orizzontali leggere che si estendono da ciascuna banda marcatore al bordo opposto del gel. Fare attenzione a rendere queste linee parallele ai pozzetti e al fronte del colorante. Queste linee indicano dove le proteine ​​del peso molecolare indicate da ciascuna delle bande marcatrici dovrebbero essere localizzate in ciascuna corsia. Ad esempio, una banda nella corsia 4 che risiede appena al di sotto della linea estesa dalla banda del 25-kilodalton suggerirebbe che la banda della corsia 4 è quasi ma non del tutto 25 kilodaltoni in peso molecolare.

Etichettare ciascuna banda in ogni corsia con il suo peso molecolare stimato. Usa i marcatori come guida e valuta i valori tra le dimensioni degli indicatori.

Sotto la fotografia del gel, crea un elenco di "proteine" per ogni corsia. Inizia indicando ciò che è noto su ciascun campione, ad esempio la sua origine o le condizioni. Quindi elencare il peso molecolare stimato di ciascuna banda nella corsia. Le corsie con una banda indicano che il campione contiene solo una proteina. Le corsie con più bande indicano la presenza di più proteine. Le bande che corrono con il fronte di migrazione sono più piccole di quelle suggerite dal marker più vicino e probabilmente non possono essere previste tranne che "più piccole di" indica il marker.

Nell'elenco delle proteine, nota le stranezze. Un aspetto "spalmato" può indicare che sono presenti troppe proteine ​​o che la viscosità del campione ha influenzato la sua migrazione Se le bande sembrano andare oltre il bordo della corsia o sono piuttosto grandi rispetto ad altre bande, allora la concentrazione di quella proteina è probabilmente troppo alto e dovrebbe essere diluito nella futura elettroforesi. Una tinta grigiastra lungo la corsia, più scura del colore del gel di fondo, indica frammenti proteici indistinguibili.

Determina l'identità delle proteine ​​in ogni corsia. Anche se questo viene fatto usando solo il peso molecolare, la fonte di ogni corsia probabilmente indicherà anche indizi. Considera che in alcune condizioni, le proteine ​​possono mantenere un'associazione dimero o trimero su un gel. Pertanto, una proteina può apparire su un gel come tre bande distinte. Anche se le proteine ​​non possono essere identificate, l'oscurità relativa delle bande può implicare le concentrazioni delle proteine ​​in soluzione. Qualsiasi proteina curiosa e sconosciuta può essere isolata direttamente dal gel originale e inviata per l'identificazione.