Quando senti parlare del microbioma intestinale, ti chiedi mai quali minuscole creature brulicano all'interno del tuo stesso corpo? In qualità di microbiologo che studia i microbiomi di piante, animali e persone, ho visto crescere l'interesse del pubblico per i microbi intestinali insieme alla ricerca sulla loro possibile influenza drammatica sulla salute umana. Negli ultimi anni, le tecniche di test del microbioma utilizzate da ricercatori come me sono ora disponibili per i consumatori a casa. Questi kit personali per il test del microbioma intestinale affermano di dirti quali organismi vivono nel tuo intestino e come migliorare il tuo microbioma intestinale utilizzando quei dati.

Sono diventato molto interessato a come funzionano questi kit per test domestici, che tipo di informazioni forniscono e se possono davvero aiutarti a cambiare il tuo microbioma intestinale. Così ho ordinato alcuni kit da Viome, Biohm e Floré, li ho provati e ho setacciato i miei dati sul microbioma. Ecco cosa ho imparato.

Come funzionano i kit per il microbioma intestinale?

Tutti i kit per il microbioma intestinale richiedono di raccogliere con cura materiale fecale fresco. Lo metti nei vari tubi forniti nel kit e spedisci i campioni all'azienda. Diverse settimane dopo, riceverai un rapporto che descrive i tipi di microbi che vivono nel tuo intestino e suggerimenti su come modificare la tua dieta o attività per alterare potenzialmente il tuo microbioma intestinale.

Ciò che i consumatori non sanno esattamente è come le aziende generano i dati del profilo microbico dal tuo campione fecale. Un approccio tipico che io e altri ricercatori sul microbioma usano è estrarre e decodificare il materiale genetico microbico da un campione. Usiamo quel materiale genetico per identificare quali specie di microbi sono presenti. La sfida è che questo processo può essere eseguito in molti modi diversi e non ci sono standard ampiamente concordati su quale sia il metodo migliore.

Ad esempio, le analisi del microbioma possono essere eseguite su due tipi di materiale genetico, RNA o DNA. Se il profilo si basa sul DNA, può darti un'istantanea solo di quali tipi di microbi sono presenti, non di quali geni microbici sono attivi o quali attività stanno svolgendo nel tuo corpo. D'altra parte, se il profilo si basa sull'RNA, può dirti non solo quali microbi sono presenti, ma anche se svolgono un ruolo nella digestione o producono metaboliti che possono ridurre l'infiammazione intestinale, tra le altre funzioni. Viome genera i suoi profili osservando l'RNA, mentre le altre aziende utilizzano il DNA.

Anche altre scelte di analisi dei dati, come il modo in cui vengono ordinati i diversi tipi di sequenze genetiche o quali database vengono utilizzati per identificare i microbi, possono influenzare il livello di dettaglio e l'utilità dei dati finali. Gli scienziati del microbioma sono generalmente molto attenti a sottolineare queste sfumature quando interpretano i propri dati negli articoli scientifici, ma questi dettagli non sono presentati chiaramente nei kit del microbioma domestico.

Cosa ho imparato sul mio microbioma intestinale

Sebbene abbia utilizzato lo stesso campione fecale per ogni kit, mescolato bene per garantire l'uniformità, sono rimasto sorpreso dal fatto che ciascuno dei tre prodotti che ho provato mi abbia dato impressioni diverse del mio microbioma intestinale.

Ogni azienda fornisce un "punteggio" complessivo su come il tuo microbioma si confronta con ciò che considera "buono" o "sano". I miei punteggi variavano dal 39% (non eccezionale) al 72% (buono). È interessante notare che Viome, che deduce l'attività microbica utilizzando l'RNA, ha dato il punteggio più basso. Ha notato che alcune attività microbiche che si verificano nel mio intestino, come la produzione di metano e l'efficienza della digestione, non erano ottimali.

Sono stato anche sorpreso dalla variazione della diversità microbica totale riportata da ciascuna azienda. Sebbene vi fosse un accordo generale sui gruppi complessivi di microbi presenti a livello di phylum, un raggruppamento biologico più generale, vi era un'ampia gamma di variazioni a livello di specie, il raggruppamento più specifico. Un'azienda ha segnalato 527 specie di microbi nel mio microbioma, mentre un'altra ne ha segnalate 312. Una ne ha segnalate solo 27.

Forse la scoperta più sorprendente e sorprendente è stata che il mio intestino potrebbe ospitare un microbo che potrebbe (ci sono molti avvertimenti qui!) porre un problema per me in futuro se dovessi sperimentare determinate situazioni mediche. Anche se tutte le aziende hanno cercato esplicitamente questo microbo nel mio campione di microbioma intestinale, solo due l'hanno effettivamente trovato. Anche se non nominerò il microbo esatto per proteggere la mia privacy sanitaria, non sono troppo preoccupato per questo risultato perché sono necessarie ulteriori informazioni, come il sequenziamento completo del genoma del microbo, per capire meglio se questo è effettivamente un ceppo preoccupante di questo microbo. Ma questa scoperta indica alcune sorprendenti variazioni nei risultati tra diversi kit di test.

Questi dati possono davvero migliorare il tuo microbioma intestinale?

Many microbiome scientists like me would probably argue that the data these kits provide are limited in terms of giving you the power to alter your health. This is partly because gut microbiome science is still a new field with many unanswered questions.

One challenge is that different people can have different proportions of microbes present in their gut. This variation has made it difficult for scientists and health professionals to agree on what type of microbial community makes a gut "healthy." Some specific species, such as the bacterium C. diff , and some broad groups, like Proteobacteria, are usually considered undesirable in high amounts. But there is no clear consensus on why one microbiome might be better than another.

Even if you did try to improve your gut microbiome based on what your gut test told you, the results might not turn out as you hoped. Probiotics or diet changes can alter the diversity of your gut microbiome and how it functions, but studies often find that each person can have different responses to these interventions, possibly because of their own unique microbiome composition. The personalized ecology of gut microbial communities, combined with genetics, diet and other factors, makes it challenging to prescribe universal solutions.

So why bother getting a gut microbiome test? For me, it was illuminating to learn what microbes I carry around with me each day. When I eat my lunch, go for a run or get stressed out, the microbes in my gut respond to changes in my body. Researchers may not completely understand what those changes mean and how to manage our microbial partners, but getting to know who they are is a great first step.