L'impigliamento negli attrezzi da pesca, in particolare nelle reti da posta e nelle reti da traino, è la principale causa di morte per le balene franche in Argentina. Le balene franche si muovono lentamente e spesso si avvicinano alla riva, rendendole vulnerabili agli impigliamenti. Inoltre, i fanoni delle balene franche, che usano per filtrare il cibo dall'acqua, possono impigliarsi negli attrezzi da pesca, causando lesioni e morte.

Altre minacce per le balene franche in Argentina includono collisioni con navi, inquinamento acustico e degrado dell'habitat. Le collisioni tra navi rappresentano una preoccupazione particolare nelle aree in cui è noto che le balene franche migrano e si nutrono, come il Golfo San Matias e la penisola Valdes. Anche l'inquinamento acustico derivante dalla navigazione marittima, dall'esplorazione di petrolio e gas e da altre attività umane può interrompere la comunicazione e il comportamento della balena franca. Anche il degrado degli habitat, come la perdita delle foreste di alghe e di altri importanti terreni di alimentazione, può ridurre la disponibilità di cibo e riparo per le balene franche.