1. Piegatura del DNA: Le proteine possono indurre piegature nella doppia elica del DNA, che possono esporre sequenze di DNA nascoste. Ciò può essere ottenuto mediante proteine che si legano a specifiche sequenze di DNA e inducono un cambiamento conformazionale nella struttura del DNA, oppure mediante proteine che si legano alla struttura portante del DNA e inducono una curvatura nel DNA senza specificità di sequenza.
2. Ciclo del DNA: Le proteine possono portare sequenze di DNA distanti in stretta prossimità avvolgendo il DNA. Ciò può essere ottenuto mediante proteine che si legano a due diverse sequenze di DNA e le uniscono, oppure mediante proteine che si legano a una singola sequenza di DNA e inducono un anello nel DNA.
3. Fusione del DNA: Le proteine possono sciogliere la doppia elica del DNA, esponendo sequenze di DNA nascoste. Ciò può essere ottenuto mediante proteine che si legano a specifiche sequenze di DNA e interrompono i legami idrogeno tra le coppie di basi del DNA, oppure mediante proteine che si legano alla struttura portante del DNA e inducono un cambiamento conformazionale nella struttura del DNA che porta alla fusione.
4. Svolgimento del DNA: Le proteine possono svolgere la doppia elica del DNA, che può esporre sequenze di DNA nascoste. Ciò può essere ottenuto mediante proteine che si legano a specifiche sequenze di DNA e svolgono il DNA in modo sequenza-specifico, oppure mediante proteine che si legano alla struttura portante del DNA e inducono un cambiamento conformazionale nella struttura del DNA che porta allo svolgimento.
5. Altri meccanismi: Oltre a questi meccanismi, le proteine possono anche legarsi a sequenze nascoste di DNA mediante altri meccanismi, ad esempio intercalando tra coppie di basi del DNA, legandosi a modifiche del DNA o interagendo con altre proteine legate al DNA.
Il meccanismo specifico mediante il quale una proteina si lega al DNA nascosto dipende dalla struttura e dalla funzione della proteina, nonché dalla sequenza e dalla struttura del DNA.
