I cromosomi lineari si trovano solo in alcuni Actinomiceti. Lo Streptomyces è un batterio Gram-positivo con un alto contenuto di GC. Ha un cromosoma lineare di dimensioni variabili da 6 a 10 Mb e diversi plasmidi circolari con una dimensione totale pari all'1-10% del DNA cromosomico. Gli streptomiceti presentano un ciclo vitale complesso che coinvolge fasi di crescita asessuate e sessuali e sono noti per la loro vasta produzione di metaboliti secondari bioattivi chimicamente diversi.

È necessario linearizzare il cromosoma per risolvere i singoli repliconi nel gel del campo di pulsazione. I repliconi vengono separati da CHEF in base alle dimensioni. Di solito viene eseguito per un lungo periodo di tempo, spesso 20-30 ore, per ottenere una buona risoluzione.

Ecco i passaggi su come piegare un cromosoma lineare di Streptomyces:

1. Preparare il gel di agarosio. Preparare un gel di agarosio all'1% in tampone TBE 0,5X.

2. Caricare il campione di DNA. Mescolare il campione di DNA con tampone di caricamento 6X e caricarlo sul gel di agarosio.

3. Eseguire il gel. Eseguire il gel a 14°C per 20-30 ore a 2 V/cm.

4. Visualizza il DNA. Colorare il gel con bromuro di etidio e visualizzare il DNA sotto luce UV.

5. Piega il cromosoma. Il cromosoma lineare degli Streptomyces apparirà come un'unica larga banda sul gel. Per piegare il cromosoma, ritaglia la fascia dal gel e posizionala su un pezzo di Parafilm.

6. Piegare più volte il Parafilm sul cromosoma fino a quando non sarà piegato in una dimensione compatta.

7. Conservare il cromosoma. Il cromosoma ripiegato può essere conservato a -20°C o -80°C.

Nota: Assicurati di indossare guanti e protezioni per gli occhi quando lavori con il bromuro di etidio. Il bromuro di etidio è un mutageno e cancerogeno.