Quando viene applicato un campo elettrico, le particelle caricate positivamente (cationi) nel gel o nella membrana si sposteranno verso l'elettrodo negativo (catodo), mentre le particelle caricate negativamente (anioni) si sposteranno verso l'elettrodo positivo (anodo). Questo movimento di particelle cariche crea una differenza di pressione osmotica tra i due lati della membrana. Il lato della membrana che contiene la maggiore concentrazione di cationi avrà una pressione osmotica maggiore rispetto al lato che contiene la maggiore concentrazione di anioni.
Come risultato di questa differenza di pressione osmotica, le molecole d’acqua si sposteranno dal lato della membrana con la pressione osmotica più bassa verso il lato con la pressione osmotica più alta. Questo movimento delle molecole d'acqua è chiamato flusso endosmotico.
Il flusso endosmotico può avere diversi effetti sulla separazione elettroforetica delle particelle cariche. Innanzitutto, può far sì che le particelle si muovano più velocemente o più lentamente di quanto farebbero in assenza di flusso endosmotico. In secondo luogo, può cambiare la direzione del movimento delle particelle. In terzo luogo, può far sì che le particelle si diffondano più o meno di quanto farebbero in assenza di flusso endosmotico.
Gli effetti del flusso endosmotico sulla separazione elettroforetica possono essere controllati manipolando la composizione del gel o della membrana e l'intensità del campo elettrico.
