- Base azotata:i nucleotidi contengono una base azotata, che può essere una purina o una pirimidina . Le purine hanno una struttura a doppio anello, mentre le pirimidine hanno una struttura ad anello singolo. Le cinque principali basi azotate presenti nei nucleotidi sono adenina (A), citosina (C), guanina (G), timina (T) e uracile (U).
- Zucchero pentoso:i nucleotidi contengono anche uno zucchero pentoso, che è uno zucchero a cinque atomi di carbonio. Gli zuccheri pentosi presenti nei nucleotidi sono ribosio e desossiribosio. Il ribosio si trova nei nucleotidi dell'RNA, mentre il desossiribosio si trova nei nucleotidi del DNA.
- Gruppo fosfato:i nucleotidi contengono un gruppo fosfato attaccato allo zucchero pentoso. I gruppi fosfato hanno una carica negativa, che contribuisce alla carica negativa complessiva dei nucleotidi.