I batteri si riproducono attraverso un processo chiamato fissione binaria, in cui una singola cellula si divide in due cellule figlie identiche. La fissione binaria è una forma di riproduzione asessuata, nel senso che non comporta la fusione dei gameti (cellule sessuali).

Il processo di fissione binaria inizia con la replicazione del cromosoma batterico. I cromosomi replicati vengono quindi attaccati alla membrana cellulare. La membrana cellulare quindi si pizzica al centro, dividendo la cellula in due cellule figlie. Ogni cellula figlia riceve uno dei cromosomi replicati.

La fissione binaria è un modo molto efficiente per riprodurre i batteri. Permette loro di aumentare rapidamente il loro numero, anche in ambienti difficili. Alcuni batteri possono riprodursi mediante fissione binaria ogni 20 minuti circa.

Oltre alla fissione binaria, alcuni batteri possono riprodursi anche attraverso un processo chiamato sporulazione. La sporulazione si verifica quando un batterio produce una spora, che è una cellula dormiente che può sopravvivere a condizioni difficili. Quando le condizioni migliorano, la spora può germinare e trasformarsi in un nuovo batterio.