Lisosomi sono organelli legati alla membrana che contengono enzimi digestivi. Sono responsabili della scomposizione dei prodotti di scarto e del riciclaggio dei componenti cellulari. Le cellule vegetali hanno vacuoli che svolgono una funzione simile, ma i lisosomi sono più specializzati e contengono una gamma più ampia di enzimi digestivi.
Perossisomi sono organelli legati alla membrana che contengono enzimi coinvolti in varie reazioni metaboliche, inclusa la scomposizione degli acidi grassi e la disintossicazione dalle sostanze nocive. Le cellule vegetali hanno perossisomi, ma sono più piccoli e meno numerosi rispetto alle cellule animali.