Una delle strutture a doppia membrana più importanti nelle cellule eucariotiche è l'involucro nucleare, che racchiude il materiale genetico della cellula. Altri organelli ben noti che possiedono doppie membrane includono mitocondri e cloroplasti. Nei mitocondri la struttura a doppia membrana serve a generare un gradiente protonico per la produzione di ATP attraverso la fosforilazione ossidativa. Nei cloroplasti, la doppia membrana è coinvolta nella cattura e nella conversione della luce solare in energia chimica durante la fotosintesi.
Le doppie membrane svolgono un ruolo essenziale nella compartimentazione cellulare, nel trasporto di molecole e nel mantenimento di ambienti chimici specifici all'interno degli organelli, rendendole componenti critici della struttura e della funzione delle cellule eucariotiche.