Questa è una grande domanda! Le endonucleasi in realtà non tagliano il DNA "tra" le estremità 5 "e 3". Si sono tagliati all'interno del filamento di DNA stesso e la loro attività è determinata dalla sequenza delle basi che riconoscono. Ecco perché:

* Struttura del DNA: Il DNA è una doppia elica composta da due fili antiparalleli. Uno Strand corre da 5 "a 3" e l'altro corre da 3 "a 5".

* Obiettivi endonucleasi: Le endonucleasi sono enzimi che rompono i legami di fosfodiestro all'interno di un filamento di DNA. Hanno siti di riconoscimento specifici, che sono brevi sequenze di basi.

* Specificità del taglio: Un endonucleasi si limiterà solo nel suo sito di riconoscimento, indipendentemente dalla direzionalità complessiva da 5 'a 3' del filamento di DNA.

Ecco un esempio semplificato:

Immagina che un'endonucleasi riconosca la sequenza "Gaattc". Tagherà in questa sequenza, indipendentemente dal fatto che il filo su cui agisca sia il filo da 5 "a 3" o il filo da 3 a 5 ".

In sintesi: Le endonucleasi non tagliano "tra" le estremità 5 "e 3" della molecola di DNA. Hanno tagliato * all'interno * il filo in sequenze specifiche che riconoscono. La loro azione è dettata dalla sequenza di base e non dalla direzionalità del filamento di DNA.