I protozoi sono stati tradizionalmente classificati come un phylum all'interno del regno protista, ma recenti ricerche hanno dimostrato di essere un gruppo polifiletico , nel senso che non condividono un singolo antenato comune. Ciò significa che non sono un raggruppamento naturale e sono stati riclassificati in diverse phyla in base alle relazioni evolutive.
Invece di un singolo phylum, i protozoi sono ora sparsi in diversi phyla all'interno del regno protista, tra cui:
* Amoebozoa: Amebe
* foraminifera: Foraminiferans
* ciliofora: Ciliate
* apicomplexa: Apicomplexans
* Radiolaria: Radiopialiani
* Diplomonadida: Diplomonads
* Parabasalida: Parabasalidi
Quindi, non esiste un singolo nome scientifico per "Phylum Protozoa" perché non è più un phylum valido nella classificazione moderna. Invece, i vari gruppi precedentemente classificati come protozoi sono ora sparsi in più phyla diversi all'interno del regno protista.
